Objetivo: Determinar el porcentaje de parásitos de importancia en salud pública que son transportados por Musca domestica. Diseño: Estudio transversal, descriptivo no experimental. Lugar: Instituto de Medicina Tropical “Daniel A. Carrión”, Universidad Nacional Mayor de San Marcos. Participantes: 1867 ejemplares de Musca domestica. Intervenciones: Técnicas de lavado y machacado de moscas; los sedimentos se analizaron con las coloraciones de Lugol y Kinyoun empleando microscopio óptico. Principales medidas de resultado: Análisis en frecuencias absolutas y relativas de parasitos encontrados en las técnicas de machacado y lavado. Resultados: Se hallaron los siguientes parásitos: Endolimax nana (41.13%), Blastocystis hominis (34.68%), Entamoeba hartmanni (10.86%), Entamoeba coli (4.34%), Cyclospora cayetanensis (4.34%), Giardia lamblia (2.17%) y Toxocara canis (2,17%). Conclusiones: Los parásitos encontrados en Musca domestica del mercado Caquetá fueron los siguientes: Endolimax nana, Blastocystis hominis, Entamoeba hartmanni, Entamoeba coli, Cyclospora cayetanensis, Giardia lamblia y Toxocara canis, siendo el de mayor frecuencia E. nana en el total de la muestra y a su vez, en el subgrupo de lavado. Se describe el hallazgo de Toxocara canis no reportado en estudios similares.