La diversité religieuse est un fait bien attesté aujourd’hui en République du Bénin. Chrétiens, Musulmans, adeptes des religions traditionnelles et ceux d'autres spiritualités se côtoient autant dans la sphère publique que privée sur le territoire béninois. N’épargnant donc aucun domaine de la société béninoise, cette diversité s'exprime également dans les milieux scolaires notamment dans les écoles privées catholiques du pays. La volonté du diocèse de Cotonou d'ouvrir les portes de ses écoles à tous les enfants sans distinction de religions ni d'ethnies, entraine de facto l'épineux problème de la gestion de la diversité religieuse et du pluralisme dans ses institutions confessionnelles. Sensible à cette problématique en milieu scolaire auprès des jeunes, le cas du collège catholique Père Aupiais nous intéresse pour son approche du cours de religion dispensé aux élèves du premier cycle. Le présent travail dans une démarche praxéologique, observe, analyse et interprète un cours confessionnel de religion donné en classe de 5è secondaire dans ledit collège. Cette interprétation s’appuie sur des référents théoriques que sont le Magistère de l'Église, un texte biblique, l’approche pédagogique de Philippe Meirieu, la théologie dialogale de Richard Bergeron, l’apport de certains responsables d'écoles privées confessionnelles québécoises. Ces derniers constituent des éléments importants dans notre intervention dans le contexte de ce travail. Il s’agit en définitive de proposer quelques recommandations pour la mise en place d'un cours d'enseignement moral et religieux favorisant le « vivre ensemble ». L’intérêt de ce travail est de susciter le débat sur la gestion de la diversité et du pluralisme en milieu scolaire catholique béninois.