Un estudio comparativo de las condiciones físicas, químicas y biológicas, durante la época seca del 2008 y lluviosa del 2009, se realizó en la zona intermareal de dos sectores del Estero Salado con diferente grado de desarrollo urbano, en base al porcentaje de cubiertas no permeables (techos de viviendas, carreteras), uso de suelo y densidad poblacional. El sector que atraviesa la ciudad (SAC), y un sector dentro de la Reserva de Producción y Faunística Manglares el Salado (RPFMS). Se evaluó: temperatura, salinidad, pH, oxígeno disuelto, porcentaje de saturación, Sulfuro de Hidrógeno, amoníaco en agua y sedimento, textura del sedimento (porcentajes de arenas, limos y arcillas), y macrobentos. El sector del Estero, SAC, presentó 83.21% de cubiertas no permeables y 96 ind/ha (urbano), y la RPFMS 16.34% de cubiertas no permeables, y 16.45% de camaroneras con 3 ind/ha (suburbano). Se encontró diferencias significativas entre sectores para la mayoría de los parámetros de agua y sedimento. SAC, presentó en ambas épocas, menor riqueza macrobentónica; concentraciones de oxígeno disuelto y sulfuro de hidrógeno sobrepasando los límites mínimo y máximo permisibles establecido por el TULAS respectivamente. Condiciones anóxicas durante el invierno en la RPFMS demuestra que la reserva está siendo afectada por el desarrollo urbano.