La cuenca alta del río Lerma es la más importante de México desde el punto de vista económico, ya que en ella ocurren el 80 % de las actividades comerciales del país, con 3500 industrias diversas, 750,000 hectáreas de tierras de riego y 14 ciudades con poblaciones de más de 100,000 habitantes. El escaso o nulo tratamiento de las aguas residuales, trae como consecuencia una elevada contaminación. Este trabajo abordó el estudio taxonómico y ecológico de diatomeas epilíticas colectadas en 11 localidades de ésta cuenca, entre los años 2003–2005. Se trata del primer estudio con una orientación ambiental que se realiza sobre diatomeas de la cuenca alta de este río, y la información generada permitirá proponer en el corto plazo un índice diatomológico para el Río Lerma (IDL), que posibilite emprender programas de monitoreo de la calidad del agua. Se reconocieron 178 especies, de las cuales 112 taxones (63 %) fueron de amplia distribución. Los géneros con mayor número de especies fueron Nitzschia (34), Navicula (19), Gomphonema (15) y Pinnularia (11). Las especies dominantes en las localidades de estudio y en las épocas de recolecta fueron Eolimna subminuscula (Manguin) Moser, Lange–Bertalot et Metzeltin, Gomphonema parvulum (Kützing) Kützing, Navicula veneta Kützing, Nitzschia capitellata Hustedt, N. sublinearis Hustedt, N. umbonata (Ehrenberg) Lange–Bertalot y Sellaphora pupula (Kützing) Mereschkowsky, que se caracterizan por ser tolerantes a condiciones a–mesosapróbicas a polisapróbicas con alto contenido de nitrógeno. La distribución de las especies de diatomeas fueron explicadas por las variaciones en parámetros como profundidad, conductividad, pH, temperatura y sólidos disueltos totales.