Objetivos: Estudar os diferenciais entre os indicadores de cárie dentária e alterações gengivais em escolares de áreas urbanas e rurais do Estado de São Paulo. Material e Métodos. Estudo de corte transversal analítico e ecológico foram os dois delineamentos utilizados. A população de estudo foram estudantes de escolas urbanas e rurais do Estado de São Paulo de 5 a 7 e de 10 a 12 anos; a fonte de informação foi o "Levantamento das Condições de Saúde Bucal - Estado de São Paulo, 1998". Foi estimada a prevalência de cárie dentária (índice ceo-d e CPO-D), do sangramento gengival durante a sondagem e de cálculo dental (índice CPI), para o estudo de associação com características sócio-demográficas dos escolares e indicador de desenvolvimento social (IDH-M) das cidades participantes do levantamento. Foram estimadas as odds ratios ajustadas e não ajustadas, por meio de análise de regressão logística de delineamento de modelos multivariados e multiníveis. O estudo de diferenciais de prevalência entre diferentes regiões do Estado empregou uma classificação de àreas rurais homogêneas pré-existentes. Resultados: Os indicadores de saúde bucal tiveram distibuição desigual entre os estratos, indicando pior condição para a população rural. Estudar em áreas rurais, em escolas públicas, ser negro ou pardo e ser do sexo masculino associaram com a manifestação de cárie não tratada e alterações gengivais, ao nível dos indivíduos. No modelo multinível, a presença de flúor na água de abastecimento público, o Índice de Desenvolvimento Humano (IDH-M) e o Índice de Cuidado associaram com as condições de saúde bucal estudadas ao nível das cidades participantes do levantamento. Áreas rurais cujo sistema produtivo apresentava maior implementação da economia agro-industrial tiveram os melhores indicadores de saúde bucal. Conclusões: Os escolares de área rural mostraram-se mais vulneráveis para todas as condições de saúde bucal avaliadas.