Introducción: La desnutrición crónica y anemia infantil son un problema importante de salud pública, cuyas consecuencias se manifiestan a lo largo de todo el ciclo vital. El Estado peruano se caracteriza por albergar una de las mayores riquezas etnoculturales del continente americano, siendo la Amazonía Peruana la región que posee la mayor diversidad de grupos indígenas del país. Objetivo: Determinar la prevalencia de desnutrición crónica y anemia en niños menores de 5 años de hogares indígenas del Perú. Diseño: análisis secundario de los datos de la Encuesta Demográfica y de Salud Familiar (ENDES) 2013, del Instituto Nacional de Estadística e Informática (INEI). Institución: Segunda Especialidad en Nutrición Pública, Facultad de Medicina, Universidad Nacional Mayor de San Marco. Lima, Perú. Participantes: Niños menores de 5 años de hogares de la región natural selva en los cuales el idioma principal es una lengua indígena. Principales medidas de resultados: Desnutrición crónica (<-2 DE para valores Z de talla para la edad) y anemia (<11 g/dL de hemoglobina ajustado por altitud). Resultados: La desnutrición crónica afectó al 43,0%y la anemia al 43,5% de los niños menores de 5 años de hogares indígenas. No existió una asociación estadísticamente significativa entre desnutrición crónica con el sexo ni edad del niño, ni entre la anemia y sexo del niño. Sin embargo, sí se encontró asociación entre la edad del menor y la anemia (p <0,001). Conclusiones: La desnutrición crónica y anemia resultaron elevadas en niños menores de 5 años de hogares indígenas en la selva del Perú, siendo evidentes las grandes desigualdades en la situación de pobreza, servicios básicos y salud de los niños indígenas.