El objetivo del presente trabajo fue evaluar la calidad de la leche cruda en cuanto a sus propiedades fisicoquímicas, microbiológicas y toxicológicas en siete cuencas representativas de la región Puno. Los resultados fueron comparados con los estándares establecidos en la Norma Técnica Peruana para leche y productos lácteos NTP 200.001-2003 y con la Norma oficial mexicana NOM-155-SCFI-2012 para los parámetros de proteína y lactosa en ausencia de parámetros peruanos. Para la caracterización fisicoquímica se determinó pH, acidez, densidad, contenido de grasa, proteína, lactosa, sólidos totales y sólidos no grasos; también se realizaron análisis microbiológicos de E. Coli y mesófilos. Del mismo modo el estudio abarcó el análisis de residuos de pesticidas como son organoclorados, organofosforados, carbamatos y piretroides en concentración de 1,0 ug/g de muestra los cuales dieron resultados negativos para los cuatro grupos de pesticidas, las determinaciones fisicoquímicas en más del 50% de las cuencas (a excepción de acidez y pH) se encontraron dentro de los estándares de la NTP y la NOM. La presencia de mesófilos en su mayoría fueron encontrados dentro de los parámetros establecidos a excepción de dos cuencas lecheras y en cuanto a E. Coli ninguna cuenca cumplió con las normas establecidas encontrándose una leche de baja calidad higiénica.