En el presente estudio se estableció una línea base de los parámetros físicos de temperatura, radiación solar, velocidad y dirección del viento, para ser utilizados en diversos modelamientos en la cuenca hidrográfica del río Napo. Para este propósito se utilizaron los resultados del modelo Weather Research and Forecasting (WRF) para el año 2012. Los resultados del modelo fueron validados utilizando registros del Instituto Nacional de Meteorología e Hidrología (INAMHI). La comparación indicó que los resultados del modelo WRF reproducen aceptablemente la configuración espacial y temporal de los parámetros meteorológicos, y por lo tanto pueden ser utilizados para modelamiento. Adicionalmente, se realizó un inventario de emisiones de fuentes antropogénicas de los contaminantes primarios (NOx, CO, COV, SO2, PM10, PM2.5) y de CO2, para la cuenca hidrográfica del río Napo, tomando como referencia el año 2012. Las fuentes analizadas fueron las plantas de generación eléctrica, el tráfico vehicular, las gasolineras y la refinería Amazonas y Planta de Gas. Los resultados mostraron que la fuente de mayor contaminación fue la generación de energía eléctrica con el 71.92% de las emisiones de NOx, 11.16% de CO, 41.28% de COVs, 93.33% de SO2, 53.38% de PM10, y 67.69% de CO2. Las emisiones provenientes del tráfico vehicular fueron significativas, aportando el 27.91% de los NOx, 88.83% de CO, 44.07% de COVs, 3.04% de SO2, 46.20% de PM10, y 29.65% de CO2. La refinería Amazonas y Planta de Gas presentó aportes menores; la misma aportó el 0.17% de las emisiones de NOx, 0.01% de CO, 3.72% de COVs, 3.62% de SO2, 0.43% de PM10, y 0.91% de CO2. Finalmente, el 9.23% de las emisiones de COVs provinieron de las emisiones evaporativas de las gasolineras. Este es el primer inventario de emisiones atmosféricas que se desarrolla para la cuenca hidrográfica del río Napo y por ello constituye un hito importante para estudios ambientales de mayor alcance.