Como aspecto metodológico, es importante recalcar el trabajo conjunto entre las áreas biofísica y socio-económica que se expresa en el manejo y generación de información estadística y cartográfica, en el contexto de una misma unidad espacial, salvando de ese modo el principal obstáculo para el análisis integral de una cuenca. Sin embargo, dado que los aspectos socio-económicos se plantean como flujos que no necesariamente están delimitados físicamente se incorpora el concepto de área de influencia socio-económica. El análisis económico nos permite reconstruir la situación actual de la Cuenca Lerma-Chapala y su área de influencia, analizando su evolución y su interacción con el medio biofísico. Los permite obtener una base de información que permitirá la determinación de las interrelaciones internas y de las áreas prioritarias por su nivel de pobreza, de fragilidad ambiental y/o socioeconómica. Al mismo tiempo nos permite analizar los incentivos que han llevado a desarrollar las actividades productivas que actualmente marcan la dinámica socio-ambiental de la Cuenca. Todo conflicto ambiental tiene sus orígenes en la necesidad de definir las formas de uso, aprovechamiento y explotación de los recursos naturales ante escenarios de escasez y de fuerte demanda. Sin embargo, cuando las soluciones técnicas ponen en riesgo la estabilidad económica de una región o país, las autoridades gubernamentales suelen privilegiar el 12 aspecto político sobre el técnico en las soluciones, con lo que buscan evitar problemas que rebasen su capacidad de control político, aunque el problema de asignación de recursos entre los actores se mantenga latente. Esta forma de tratar los problemas ha generado una dinámica intensiva en las formas de apropiación que los actores productivos hacen de los recursos naturales y explica el deterioro de la región (cuenca) a pesar de las instituciones y acciones gubernamentales que se han generado para atender la problemática ambiental.