El análisis de datos históricos y recientes de hidrogeología, geofísica, cambio de uso del suelo, clima y las prácticas de manejo del recurso hídrico apuntan a una continua disminución de los volúmenes de agua subterránea. Esto revela que el acuífero del Valle de San Luis Potosí se comporta como un recurso minado. El sistema está formado por un acuífero somero en medio granular en depósitos aluviales, un acuífero intermedio de material sedimentario compuesto por gravas, arenas y limos semiconsolidados y un acuífero profundo en un medio fracturado de origen volcánico, denominado Latita Portezuelo. Los factores que afectan negativamente la recarga hacia el valle son: la baja permeabilidad de los materiales rocosos que bordean al valle y que inhiben la infiltración hacia el subsuelo, la baja precipitación y alta evaporación característica de regiones áridas, la erosión de suelos deforestados en las sierras aledañas que impiden la retención de agua, y la construcción de presas en materiales rocosos de baja permeabilidad que reducen drásticamente el flujo de agua a zonas de infiltración en el valle. Adicionalmente, las edades del agua en el medio granular van de 1300 a 2300 años, mientras que en el medio fracturado van de 5300 a 6300 años, indicando ritmos muy lentos de recarga. Los últimos balances hidrogeológicos anuales correspondientes a los años 1995 y 2002 indican que el déficit se incrementó de 36.6×106 a 42.5×106 m3/año. Estos balances coinciden en la existencia de un desequilibrio en la extracción que duplica a la recarga, y dadas las condiciones climáticas del área, conlleva a una condición de minado del agua subterránea en el Valle de San Luis Potosí.