Objetivo. Comparar las prevalencias de desnutrición y anemia en niños indígenas y no indígenas menores de cinco años de edad en el ámbito nacional, por región, por zonas urbanas y rurales, y evaluar en qué medida la condición socioeconómica de la familia predice las diferencias. Material y métodos. Se realizó una encuesta nacional probabilística en 1999 en México. Las familias indígenas fueron identificadas como aquellas en las cuales al menos una mujer entre 12 y 49 años de edad en el hogar hablara una lengua indígena. Las prevalencias de desnutrición (baja talla, emaciación y bajo peso) y anemia fueron comparadas entre niños indí- genas y no indígenas. Se utilizaron razones de probabilidad para comparar prevalencias ajustando por las condiciones socioeconómicas de la familia y por otras variables. Resultados. Las prevalencias de baja talla y de bajo peso fueron mayores en indígenas que en no indígenas. En el ámbito nacional y en zonas urbanas las prevalencias fueron casi tres veces mayores, mientras que en zonas rurales fueron ~2 veces mayores (p<0.05). No se encontraron diferencias en las prevalencias de emaciación (p>0.05). La prevalencia de anemia en indígenas fue un tercio mayor que en no indígenas en el ámbito nacional (p <0.05) y entre 30 y 60% mayor en áreas urbanas y en las regiones estudiadas (p<0.05), pero no fue estadísticamente significativa en áreas rurales (p>0.05). Estas diferencias se redujeron aproximadamente a la mitad al ajustar por las condiciones socioeconómicas, pero continuaron siendo significativamente superiores enniños indígenas (p<0.05). Conclusiones. Los niños indígenas tienen mayor probabilidad de presentar baja talla y bajo peso que los no indígenas. Las diferencias son mayores en áreas urbanas y en las regiones geográficas con mejores condiciones de vida, y se explican principalmente por factores socioeconómicos. La probabilidad de anemia entre poblaciones fue sólo modestamente mayor en zonas urbanas que en zonas rurales, y las diferencias son explicadas en menor grado por factores socioeconómicos. Se recomienda el diseño y aplicación de políticas y programas para eliminar las diferencias abismales en estado nutricio entre niños indígenas y no indígenas en México.