La cuenca del río Mololoa constituye un sistema complejo de suma importancia, ha proveído de bienes y servicios a 36 localidades asentadas en ella; actualmente se reportan tasas de deforestación de bosques del 0.1 % y selvas del 0.36 %, por lo que surge la necesidad de establecer un manejo sustentable de los recursos. Con base en el enfoque paisajístico, metodologías de análisis multivariado y encadenamiento, se obtuvo la integración de los factores del paisaje y una propuesta de regionalización, dando lugar a la conformación de 8 regiones caracterizadas por la homogeneidad entre los siguientes factores: tipo de clima, geomorfología, edafología, tipo y uso de suelo, vegetación, acceso a educación, salud, servicios básicos de agua potable, drenaje, energía eléctrica, vivienda y potencial económico, que en su conjunto muestran las características que han moldeado la estructura, función y composición de la cuenca del río Mololoa, como base para la formulación de instrumentos de planeación.