Se presenta un diagnóstico de la gestión de desechos peligrosos en seis clínicas veterinarias de Guayaquil, Ecuador. Los desechos peligrosos comprenden cualquier material no deseado que representa una amenaza para la salud de las personas y el ambiente; puede ser explosivo, inflamable, infeccioso, radiactivo, corrosivo y/o tóxico. Las clínicas evaluadas fueron seleccionadas por su infraestructura y capacidad de servicio. Se analizó el manejo de sus desechos y el nivel de cumplimiento de la normativa vigente aplicable. Se realizaron encuestas y entrevistas a los médicos veterinarios de cada clínica y a las autoridades. El nivel de no cumplimiento de las diferentes reglamentaciones es del 72% para las clínicas evaluadas, tanto en su fase de generación, como almacenamiento y entrega al gestor autorizado. El desconocimiento de la ley es el principal problema, por el que no existe una adecuada gestión de los desechos. Finalmente, se presentan recomendaciones y una guía metodológica para un correcto manejo de desechos peligrosos veterinarios.