El género Shigella comprende bacilos de las especies S. flexneri, S. sonnei, S. boydii y S. dysenteriae, productores de disentería bacilar o shigelosis. La virulencia y patogenicidad del género se caracteriza por la presencia de una alta multirresistencia a antibióticos y variedad de factores de virulencia que permiten la infección al hospedero. El objetivo de este estudio fue establecer la sensibilidad antimicrobiana y detectar los genes de virulencia “Invasion plasmid antigen H“, ipaH; “Invasion-associated locus”, ial; “Shigella toxin” Stx; “Shigella enterotoxin 1A”, set1A; y “Shigella enterotoxin 1B”, set1B en aislados clínicos de Shigella spp.; para el efecto se analizaron 79 aislados obtenidos de Zurita & Zurita laboratorios y del Hospital Vozandes Quito. Mediante serotipaje, se obtuvieron 3 especies: S. flexneri (63,29%), S. sonnei (29,11%), y S. boydii (7,59%). La sensibilidad antimicrobiana se analizó siguiendo el método de Kirby- Bauer y las recomendaciones del “Clinical and Laboratory Standars Institute”, CLSI. La resistencia obtenida fue a tetraciclina (96,20%), ampicilina (91,14%), trimetoprim/sulfametoxazol (86,08%) y cloranfenicol (84,81%). El análisis de presencia de genes de virulencia se realizó mediante la reacción en cadena de la polimerasa (PCR) utilizando iniciadores previamente descritos. Se determinó una alta prevalencia de los genes ipaH (91,14%) e ial (82,28%), los genes codificantes de enterotoxina 1 (set1A y set1B) se encontraron en un 34,18%. Los resultados obtenidos demuestran la existencia de una multirresistencia a antibióticos y cepas altamente virulentas.