En este trabajo se explora la heterogeneidad de la estructura econ´omica de la peque˜na empresa en el Ecuador, para relacionar las actividades econ´omicas en una unidad geogr´afica, as´ı, como la distribuci´on de los pesos que representa cada sector econ´omico (manufactura, comercio y servicios). Se utiliza la distancia de Hellinger entre distribuciones para comparar las estructuras econ´omicas y las distribuciones geogr´aficas de los diferentes sectores y actividades de la econom´ıa, seg´un la clasificaci´on CIIU 4.0. Para caracterizar una econom´ıa, se utiliza el n´umero de trabajadores que pertenecen a un sector econ´omico en una unidad geogr´afica. Finalmente, se utiliza estas distancias, para hacer agrupaciones geogr´aficas, que conserven continuidad territorial. La fuente de datos para el an´alisis est´a costituido por los registros del Censo Nacional Econ´omico (CENEC, 2010) del Instituto Nacional de Estad´ıstica y Censos (INEC).