Les premières descriptions de cas de syndrome d’immunodéficience acquise (SIDA)
datent du début des années 1980, suivies de l’identification du virus de l’immunodéficience
humaine (VIH) en 1983, responsable du SIDA. En parallèle des avancées scientifiques et
techniques liées au VIH/SIDA, celui-ci s’est répandu très rapidement. En 2013, le nombre de
personnes (tous âges confondus) vivant avec le VIH était estimé à environ 35 millions et le
nombre de nouvelles infections à environ 2 millions. La situation est en particulier
préoccupante en Afrique Sub-Saharienne où vivent 70% des individus vivant avec le VIH.
Tandis que le nombre de nouvelles infections diminue progressivement depuis le début des
années 2000, il reste élevé.
Dans l’objectif de diminuer de façon importante et rapide le nombre de nouvelles
infections et dans une perspective de mise en place des programmes d’interventions de façon
priorisée et locale, l’organisme médical international Médecins Sans Frontières (MSF) a
sélectionné quatre sites à hautes incidence et prévalence situés au Kenya (district de Ndhiwa),
au Malawi (district de Chiradzulu), en Afrique du Sud (districts de Mbongolwane et Eshowe,
Kwazulu-Natal) et au Swaziland (district de Shishelweni). MSF espère, après une
combinaison d’interventions sur le terrain, observer en temps réel une baisse de l’incidence de
l’infection par le VIH.
La modélisation mathématique de l’épidémie au sein de chaque district représente une
part fondamentale du projet. Il s’agit, en effet, de prédire l’impact à court terme de la mise en
œuvre d’interventions, seules ou combinées, sur l’incidence de l’infection par le VIH. Au
préalable d’une modélisation, il faut caractériser le phénomène étudié. Dans notre cas, il s’agit
d’estimer les indicateurs épidémiologiques clés : la prévalence de l’infection par le VIH, son
incidence, et la cascade de soins. Tandis que l’estimation de la prévalence et de la cascade de
Introduction
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soins est relativement aisée à l’aide des données d’enquête en population, l’estimation de
l’incidence de l’infection par le VIH est délicate.
Le premier site sélectionné a été le district de Ndhiwa (Province de Nyanza, Kenya).
Dans celui-ci, des données concernant l’épidémie de VIH n’étant pas disponibles ou pas assez
précises, une étude transversale (nommée Ndhiwa HIV Impact in Population Survey, NHIPS),
dont la méthodologie est très proche des enquêtes démographiques et de santé (Demographic
and Health Survey, DHS), a été menée entre Septembre et Novembre 2012 par MSF et
Epicentre, son centre de recherche. Cette étude avait pour but de fournir des informations
locales, actualisées, et précises des terrains concernant l’incidence et la prévalence de
l’infection par le VIH ainsi qu’une évaluation en profondeur des indicateurs des programmes
VIH (la « cascade de soins »).
La première partie de ce mémoire décrit plus précisément le contexte et les
problématiques qui ont motivé ce travail de recherche, d’un point de vue épidémiologique et
méthodologique.
La deuxième partie s’intéresse à l’estimation de l’incidence de l’infection par le VIH,
dans le cadre d’une enquête transversale en population. Cet indicateur est essentiel pour
déterminer la dynamique de l’épidémie, identifier les groupes de la population les plus à
risque, et planifier des interventions de santé. Après une revue de la littérature, nous avons
sélectionné des méthodes pouvant être appliquées dans le cas d’enquête transversale en
population, appliqué celles-ci aux données de l’enquête NHIPS, et comparé les résultats
obtenus.
La troisième partie de cette thèse porte sur la modélisation à court terme de l’épidémie
de VIH/SIDA dans le district de Ndhiwa. Le premier objectif de cette partie a été de proposer
Introduction
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une méthodologie pour la prédiction de l’épidémie de VIH/SIDA lorsque qu’une (seule)
enquête de type DHS est disponible, associant estimation des paramètres d’un modèle et la
prédiction de l’épidémie au cours du temps. Le second objectif a été ensuite d’appliquer cette
méthodologie en intégrant les interventions de santé envisageables par MSF-Epicentre. Des
simulations déterministes ont été complétées par des simulations stochastiques.